Najstarszą drewnianą świątynią w gminie Kiszkowo jest modrzewiowy kościół parafialny pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela. Spełniał on niegdyś funkcję fary miejskiej. Konsekrowany w 1749 r. Remontowany: 1912, 1949, 1974 i 1982 r. Dzięki staraniom proboszcza Jana Wypijewskiego świątynię dostawiono w 1733 r. do pochodzącej z 1649 r. murowanej kaplicy Najświętszej Marii Panny. Kaplicę tę ufundował jako wotum dziękczynne właściciel Kiszkowa – Łukasz Niemojewski, który za sprawą cudownego obrazu został uzdrowiony. Kaplica pełniła również funkcję krypty grobowej właścicieli miasta, pochowani są w niej właściciele Łubowic: Kazimierz i Antonina Węclewscy.

Świątynia stoi na stromej skarpie w otoczeniu starych rozłożystych kasztanowców. Kościół orientowany, ściany w konstrukcji zdwojonej (konstrukcja zrębowa wzmocniona od zewnątrz konstrukcją ryglową), oszalowany, jednonawowy z nieco węższym, zamkniętym trójbocznie prezbiterium i czworokątną wieżą frontową z kruchtą. Dach kryty gontem. Wieża zwieńczona oryginalnym krzyżem – herbem Pilawa, którym pieczętował się arcybiskup gnieźnieński, a od 1723 r. prymas Polski, Teodor Andrzej Potocki (1664-1738).

W ołtarzu w kaplicy umieszczono Pietę z 2 poł. XVII w., pochodzącą z rozebranego w XIX w. kościoła Świętej Trójcy. Nad figurą scena „Przemienienia Pańskiego”, wzorowana na dziele Rafaela Santi. W ołtarzu głównym XVIII-wieczny obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem. Łaskami słynący wizerunek zakryty jest srebrną sukienką i otoczony licznymi wotami. Od 1999 r. zasłaniany jest przez płótno „Chrzest Chrystusa w Jordanie” – kopię obrazu „Chrzest Chrystusa” Piera della Francesca. W antepedium ołtarza płaskorzeźba przedstawiająca Ostatnią Wieczerzę. Dwa ołtarze boczne neoklasycystyczne z XIX w. W lewym ołtarzu obraz z wizerunkiem Najświętszego Serca Pana Jezusa, w prawym – obraz św. Józefa z Dzieciątkiem Jezus.

Na uwagę zasługują również XVIII-wieczna ambona oraz XIX-wieczne: chrzcielnica, rzeźbiony fotel i organy, odrestaurowane w 2014 r. Na ścianie prezbiterium renesansowy krucyfiks.